Giocare in modalità multigiocatore in Marvel Battlegrounds è semplice: posiziona uno dei tuoi personaggi Marvel sulla Base Disney Infinity e il gioco è fatto. La Base caricherà ogni personaggio nella schermata di selezione, dove rimarrà per l'intera durata della sessione di gioco in modalità Versus. Una volta caricati i personaggi nel gioco, è possibile rimuovere il Personaggio dalla Base durante il gioco. Tuttavia, dovrai ricaricare ogni personaggio se uscirai dal gioco.

Il multigiocatore della Storia o della modalità Sfida funziona allo stesso modo delle altre funzionalitù multigiocatore degli altri Mondi: posiziona i personaggi scelti sui rispettivi slot della Base Disney Infinity per giocare.